Comment faire acquérir la différence entre les graphies d'un même son ?

Chers collègues de l'école primaire, petite question. 

Mes filles apprennent à lire avec une bonne vieille méthode syllabique, La Lecture Immédiate chez Hattemer, très inspirée de la Cuissard. 

Elles étudient actuellement -ain, -aim, précision faite que le -in a été étudié il y a environ 3 semaines. 

Au niveau lecture, ça se passe bien. Nous ne sommes pas encore passés aux dictées de mots avec ces sons. 

D'où ma question. 

À part les lignes d'écriture (2 ou 3 lignes par mot nouveau),  quelle méthode utiliser pour fixer les différences orthographiques ?
J'ai pensé au féminin (lapin/lapine, nain/naine).

Auriez-vous d'autres idées ?

Merci !!!

À partir du moment où l'enfant connaît bien les différentes façons de coder un même son, il faut faire des exercices pour fixer l'orthographe (relier des syllabes mélangées, compléter des phrases avec des mots, faire des dictées de mots). Y a-t-il un cahier d'exercices accompagnant la méthode ?
C'est très bien de ne pas avoir vu les différentes graphies en même temps. Dans L'excellente méthode Léo et Léa le son est vu en deux fois : in - im - yn - ym et à six semaines d'intervalle : ain - aim - ein
On peut aussi inventer des jeux : par exemple faire associer des cartes d'animaux à leurs étiquettes contenant le son.

Bonjour Monsieur Barthas, 
Merci pour votre aide. 
Pas de cahier d'exercices, mais je vais m'appuyer sur vos suggestions. 
Merci encore !!!

Les familles de mots sont effectivement une bonne piste.
masculin/féminin, nom/verbe, etc.

chemin, cheminée, cheminer, cheminot
chat, chatte, chaton, chatière, chaterie

je pense que tant que la lecture courante n'est pas acquise, l'orthographe lexicale de tous les mots n'est pas une priorité, mais on peut commencer à apprendre certaines régularités.

Une bonne aide consiste à ranger les mots qui s'écrivent avec les même graphèmes dans une même phrase.
ex. Le poulain nain monte dans le train où il mange du pain (sans levain) avec ses copains.
Le marin chemine sur le chemin au milieu des sapins.
etc.
Plein d'empreintes peintes et plein de nattes teintes.
C'est imagé, facile à retenir. En tout cas, plus facile qu'une liste de mots sans lien entre eux.

Voir aussi certains manuels anciens de français de CP-CE1 qui consacrent des leçons à l'apprentissage systématique de l'orthographe lexicale. Ils ne se basaient pas sur l'échelle Dubois-Buyse (classement des mots par fréquence) comme beaucoup de manuels après 1970-1975 mais sur les régularités orthographiques.

Merci mille fois !!!
Les petites phrases sont super, je suis sûre qu'elles vont adorer ce type de comptine. 
Les Manuels anciens... Euh... Pages Arrachées, ce fil magique qui m'a permis de découvrir ce forum ?

En tout cas, merci à vous deux...

Quelques notions d'étymologie ne peuvent pas gêner, avec lien entre la forme dégradée et la forme étymologique. Je pense à l'accent circonflexe, à la transformation du "c" en "ch, du "an" en "ien", etc. (île - insulaire, château - castelet, chien - canin, lien - lanière).

Pour les enfants un peu curieux, c'est un émerveillement de découvrir qu'il y a des structures logiques facilitantes cachées au milieu de cette langue qu'ils sont en train de découvrir, et que l'orthographe est rarement arbitraire.

Dans la liste https://manuelsanciens.blogspot.fr/p/francais-redaction.html
je prends un titre : Denève, Renaud, La grammaire et l'orthographe, Vocabulaire, Construction de phrases CE1 (15e éd. 1954).

Voir ci-dessous la table des matières où on observe qu'au CE1, dans la rubrique "Vocabulaire orthographique" (= orthographe lexicale), les auteurs ont choisi d'étudier les régularités orthographiques qui reviennent le plus souvent : en (em), an (am), on (om), etc. Les manuels suivants (CE2, etc) poursuivront très certainement en affinant de plus en plus les règles et en augmentant progressivement le nombre de mots à apprendre.




Je ne l'ai pas regardé en détail mais les leçons ont l'air assez faciles, mais pas trop pour des CE1, d'un niveau de difficulté adapté aux élèves.



Sinon, parmi les livres édités en ce moment, tu peux prendre
le livre du GRIP, Ecrire, analyser CE1.
ou Grammaire CE1-CE2 (Librairie des écoles)
ou Sommer, Etude de la langue CE1 (Belin)

Pour l'instant, il faut attendre un peu et réserver ce type de manuels (anciens ou contemporains) à plus tard, une fois que le syllabaire sera bien maîtrisé.

Parmi ceux qui utilisent ou qui s'inspirent des manuels anciens, beaucoup conseillent les Dumas-Collin, les Berthou-Gremaux-Voegelé, Gabet-Gillard, Grammont-Hamon, etc.
Je crois que certaines collections sont complètes sur le blog, ce qui permet d'avoir une vue d'ensemble de la progression en français de 7 ans (début CE1) à 12-13 ans (certificat d'études).

Sinon, note que Catherine Huby s'est inspiré des manuels d'Anscombre et Ageorges pour concevoir ses fichiers de français.
Et elle a aussi écrit un article pédagogique sur la question de l'acquisition de l'orthographe lexicale au CP :
http://doublecasquette3.eklablog.com/ecrire-et-lire-au-cp-apprendre-l-orthographe-a118624970

Merci beaucoup, Super Spinoza !!! 

Merci à tous les trois pour vos réponses, vous êtes formidables !

Procédés mnémotechniques ou bonne leçon de synthèse sur le pluriel des noms :
http://craiehative.eklablog.com/le-pluriel-des-noms-a117688384